有關行政院環保署公布98年全國飲用水水質查驗結果，指出連江縣水質不合格4件，對此，自來水廠特別提出說明如下：
不合格項目如下：餘氯不足2件、總三氯甲烷過多1件、總菌落數及大腸桿菌過多1件，但皆是超過標準值些許。分析不合格原因，大部分均與水庫原水水質不佳有關。為提高供水品質，水廠已從改善加藥設施等著手，目前已具成效。上述不合格項目可由水處理過程中氯成分的有效添加獲得控制改善。水廠已於98年度辦理「勝利淨水場及中興嶺加藥設備採購案」及「東引淨水場加藥設備採購案」，南竿及東引進行定點加氯並配合日常水質檢驗，對供水水質之需求應可控制掌握，飲用水水質無虞。
水廠為提供穩定且優質的供水品質，皆有定期進行四鄉五島自來水水質檢測，檢測項目包括自由餘氯、PH、濁度、色度、總溶解固體、總硬度、總菌落數、大腸桿菌群、氯鹽、氨氮、亞硝酸鹽氮、硝酸鹽氮及總有機碳，並委外進行其他水質監測項目。
為因應水庫水質不佳，水廠將於本年度執行辦理「勝利淨水場二氧化氯加藥設備採購案」及「儲水澳生物薄膜處理工程採購案」。二氧化氯能直接氧化水中的腐殖酸或黃腐酸等天然有機物，不與其形成三鹵甲烷等氯化物，能大大降低消毒後水中總三鹵甲烷等消毒副產物的含量，提升供水品質。生物薄膜可有效降低原水中氨氮、鐵、錳含量。上述兩項工程預計99年年底完工，飲用水水質將可獲得更大改善。
前述水庫水質不佳之主因，係為南竿勝利水庫及東引東湧水庫原水水質受上游污水污染，已請軍方進行勝利水庫上游營區生活污水改善，縣府並擬籌措經費進行污水處理工程，以排放生活污水入污水管道中，將可改善水庫水源污染問題。
針對馬祖地區水質改善，已於「離島供水改善計畫」中爭取經費辦理淨水廠水處理設施效能提升及水庫周邊截水改善等項目，以全面提升水質改善成效。水廠將持續進行供水量與質的改善，以確保用水無虞。
有關上述檢查不合格之四件，自來水廠虛心並努力改善，再次強調請民眾務必將自來水煮沸並打開蓋子揮發後，再行飲用，應無安全及衛生的問題。
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