馬祖目前公告水庫有八座，但實際包括過去軍方所有的水庫有十六座，所有的水庫都有優養化的問題，而且卡爾森指數都超過50，除直接對飲用水源造成衝擊，致使淨水場處理效益及自來水品質降低外，更增加原水處理的手續與成本；而造成地區水庫優養化的主因有二，第一是上游污染源造成之污染負荷，第二是水庫因地形限制，蓄水量小造成水體交換性較低。
一般常以水庫或湖泊的優養程度，來判定水庫水質的污染程度，發生優養的水庫大多由於過多的營養源進入水體所致，而造成營養源主要成分為磷或氮。經專業顧問公司現地調查檢驗後，馬祖所有水庫無一倖免都有優養化問題，而各水庫主要污染源均為軍方之生活污水，如勝利水庫點污染源，包括工兵連、馬防部、志清發電廠、岸巡等，儲水澳上壩為憲兵連、儲水澳下壩為混砲營二級廠、津沙水庫一號壩為步一營裝步連、北竿中興水庫為北高醫院、東引紫澳水庫為軍醫院、東湧水庫為成功堡據點及203連（以上資料為94年）。
上述各軍方點污染源均為於水庫上方或周邊，雖然駐軍有減少，但各軍營所在目前並無任何污水處理設施，直接排放生活廢污水造成水庫污染。縣府工務局表示，現在正進行民用污水道建置工作，但依據規定，軍方屬於專用污水下水道，必須自行建置，內政部營建署的污水下水道補助僅限民生污水，這也是地區污水處理的一個灰色地帶。
另外，由於水庫因地形限制，大多類似蓄水塘大小，主要用以蓄積雨水，因各水庫進水量不足，水庫水體循環性不足停留過久，底泥累積污染物釋放出之營養鹽，為另一股主要的污染源，易造成藻類增生，使水庫形成優養。
根據顧問公司所提水庫水體水質改善建議方案，也是針對上述兩個主要造成水庫優養化污染源提出適當工法，即降低上游集水區流進水庫之污染量，協調軍方建置污水處理設施，達到排放廢棄標準，方得排出；及庫區內污染物減量，預計透過清淤方式，除增加水庫蓄水量外，同步也進行水質改善。
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